Selain pendidikan formal, di Pondok Pesantren Manba’ul ‘Ulum Cirebon juga terdapat pendidikan Non Formal yaitu Pendidikan kesantrian yang memiliki jadwal dan struktur kurikulum tersendiri. Kegiatan kesantrian menjadi jantung kehidupan di pesantren karena meliputi pelaksanaan kegiatan selama 24 jam. Diantara struktur kegiatan yang ada di kesantrian yaitu:
a. Struktur Kegiatan Wajib
1. Sholat berjamaah lima waktu
2. Qiroatul Quran
3. Tahfidz Quran
4. Kajian Keislaman
5. Kepanduan
6. Muhadlaroh
7. Tazwidul Mufrodat
8. Muhadatsah
9. Halaqah Hujroh
10. Kepemimpinan
11. Olah Raga
b. Struktur Kegiatan Pilihan (Ekstrakurikuler)
- Klub Bahasa Arab
- Klub Bahasa Inggris
- Pramuka/PMR
- Bela Diri/Pencak Silat (PSTD)
- Drum Band
- Seni Musik Marawis
- Seni Musik Hadroh
- Klub Olahraga
- Sanggar Sastra
- Majalah & Fotografi
- Kursus Komputer
- Kelompok Tahfidz Al-Qur’an
- Kelompak Kajian Kitab Kuning
- MU POS, dll.
